Os ninjas em suas missões usam algumas armas para fazer a missão mais fácil.
Alguns são:
Chaveiros explosivos
Se parecem com um pequeno saquinho amarrado por um curto fio em uma isca que se prende ao alvo explodindo alguns segundos depois. Quem usa:Uchiha Sasuke.
Kibaku Fuuda (Papel Bomba)
Um pedaço de papel com escritas em kanji que se traduz por "explosão". Quando aplicado no alvo, o papel começa a queimar e, quando queimado por completo, causa uma explosão. Quem usa: vários.
Essas bombas, ao explodirem, liberam uma grande quantidade de fumaça roxa, confundindo o inimigo. Muito usadas em fugas. Quem usa: Vários
Kunai
Uma arma muito comum entre os ninjas, semelhante a uma faca, ultilizada tanto para ataque, como para defesa. Pode ser usada também como ferramenta, como por exemplo, escalar montanhas. São pequenas e tem apenas uma ponta, saindo em linha reta quando atiradas. Quem usa: Vários
Kunai Invertida
Parecida com uma kunai, mas essa é mais larga e é curvada na ponta. Este tipo de lâmina é bom para cortar o alvo. Ótima arma para os ninjas médicos que têm que fazer uma operação rápida no campo de batalha. Quem usa: Kabuto.
Kunai gigante
Assim como a shuriken gigante, esse tipo de kunai é apenas uma versão enorme da kunai normal com um orifício no centro aparentemente que serve de suporte devido ao seu tamanho.
Izumo e Kotetsu usam essa arma contra Hidan, esta kunai apresenta uma pequena desvantagem por necessitar que o usuário ocupe as duas mãos para manuseá-la com agilidade, e diferente da kunai convencional, esta não é eficaz para ser arremessada. Quem usa:Hagane Kotetsu e Izumo kamizuki.
Makibishi
São pequenas esferas com pontas que são tacadas no chão. São usadas como armadilha para ferir quem as pisa. As makabishi são muito comuns na série "Naruttimate Hero" para ps2. Quem usa: Vários
Shuriken
Também é uma arma muito comum entre os ninjas, semelhante a uma estrela. São muito usadas como distração, pois o reflexo das luzes no metal confundia o inimigo, e em ataques a distância. Quem usa: Vários
Shuriken gigante
vista pela primeira vez no episódio-piloto da série, é usada por Mizuki contra Iruka e Naruto. É apenas uma shuriken de quatro pontas com o diâmetro de um bambolê. Segurando no orifício central, o ninja rotaciona o shuriken gigante, criando o mesmo efeito do Fuuma Shuriken. Quem usa:Touji Mizuki.
Fuuma Shuriken
Senbon (agulha)
Agulhas afiadas grandes que podem ser atiradas a um oponente, porém, com poucas chances de matar, a não ser que atinja um orgão vital. Quem usa: Haku, Tsunade, Shizune, Genma Shiranui entre outros...
Jouhyou
Arma que Matsuri escolhe aprender a usar quando Gaara começa a treiná-la. É um dardo preso a um fio, que pode ser usado para prender inimigos ou defender ataques. Foi mostrado durante o último arco filler do anime. Quem usa:Matsuri.
Aian Nakkuru
Ótima arma para se lutar taijutsu. Pode usá-la com ataques rápidos e para perfurar seus oponentes. Pode adicionar o chakra à lâmina para aumentar o poder e alcance do corte. Quem usa: Sarutobi Asuma.
Kubikiri Houcho
Samehada
É a espada de Hoshigaki Kisame. A textura dessa grande espada se assemelha com á pele de um tubarão. A Samehada é capaz de absorver grande quantidade de chakra. Só pode ser usada por Hoshigaki Kisame, no mangá Suigetsu, tenta recolher todas as espadas dos ninjas da aldeia do nevoeiro de onde kisame é originário. Quem usa: Kisame
Pergaminhos
Marionetes
Primeiramente no anime/mangá usadas por Kankurou, as marionetes são controladas por seus donos através de fios de chakra pelas pontas dos dedos, presos a várias partes do corpo do boneco. Com o passar do tempo, foi revelado que mais personagens utilizavam as marionetes, como Sasori e Chiyo. Quem usa: Kankurou, Sasori, Chiyo entre outros.
Bomba de Luz
Bomba que dificulta a visão do seu adversário pois cria uma luz isuportável.
Tikets Especiais
Pequenos Papéis capazes de derrubar os adversários rapidamente após ser acertado.