A partir do momento em que os "Alunos da Academia Ninja" se tornam Gennins, passam a realizar as chamadas Missões. As missões ninjas são pedidos e serviços encomendados por outras vilas que por não terem como executar os serviços, contratam outras vilas. Estes serviços variam entre a simples limpeza de um determinado lugar, ou a captura de um certo animal, como até mesmo a captura ou o eliminação de um shinobi de alto nível. As missões são divididas de acordo com o ranking ninja. E os ninjas geralmente recebem dinheiro executando estas missões (está aí a resposta para aqueles que achavam que os ninjas sobreviviam de vento). Além disso, as missões são a maior fonte de arrecadação de renda para uma vila e, de acordo com o nível de cada missão, maior será custo.
Veja a classificação das missões:
Nível D
Missões atribuídas a gennins que acabaram de se formar na Academia. Nível de dificuldade mínimo, servem apenas para adaptar o ninja às missões, assim recebendo outras melhores no futuro. Geralmente são missões para resgatar animais, limpar canteiros, recolher lixos e etc. É valido lembrar que nenhuma missão de Nível D tem batalhas, no máximo exercícios corporais. Custo: de 5.000 à 50.000 ryou, o valor é de acordo com a missão.
Nível C
Missões atribuídas a gennins ou chuunins, a maioria das missões são realizadas neste nível. Dificuldade média. Geralmente missões em que se acompanham pessoas importantes para o destino delas, estas missões ajudam muito no desenvolvimento e percepção dos ninjas. Custo: de 30.000 à 100.000 ryou, o valor é de acordo com à missão.
Nível B
Missões atribuídas a chuunins ou jounnin. O nível de dificuldade destas missões é alto e sempre envolvem combate com outros ninjas de níveis médio/baixo, missões de espionagem e assassinato de ninjas. Custo: de 80.000 à 200.000 ryou, o valor é de acordo com a missão.
Nível A
Missões atribuídas a jounnins ou até mesmo ao kage da vila. Todas as missões de Nível A apresentam dificuldades muito altas, na qual geralmente envolvem captura de ninjas foragidos, escolta de pessoas muito importantes e a eliminação de ninjas de alto nível. Custo: de 150.000 à 1.000.000 ryou, o valor é de acordo com a missão.
Nível S
Missões que envolvem vários Países. Geralmente as missões de Nível S estão relacionadas com as guerras que ocorrem, tendo de ir para outros países ajudar nas lutas. Outras missões que podem ser classificadas como nível S, é o transporte de documentos e artefatos de importância imensuráveis, quando alguém de muita importância é assassinado, ou quando alguma pessoa de gigantesca importância necessita de escolta. Custo: acima de 1.000.000 ryou, o valor é de acordo com a missão.
